另一方面要增加有益微生物的种类和数量，也就是施用一定数量的菌肥。菌肥也称生物肥料、细菌肥料。确切地说，它们是菌而不是肥，主要成分不是营养元素，而是大量的微生物。它的功效在于通过微生物的活动，改善作物的营养条件并分解土壤中的有机质，使他们变成能够被植物吸收的营养，这就如同人吃的饭菜必须经过消化才能被吸收一样。秸秆还田后如果没有微生物的帮助，不仅不能被植物利用，还可能助长病菌的滋生；另一方面，再好、再多的菌肥撒在贫瘠的土壤中也不可能凭空转换出营养元素，有益微生物也会饿死。只有当有机物与有益微生物同时存在时，才能起到增肥防病的效果。一种按适当比例在大量有机物质中植入有益微生物的生物菌肥，其生物菌肥包括能够增加或转化营养的固氮菌、硝酸菌、溶磷菌、光合菌；能够分解有机质的酵母菌；能够分泌植物生长刺刺激药素和压制病菌的哈刺木霉、绿粘帚霉、放线菌以及一些芽胞杆菌和假单胞菌。生物菌肥种具有长效、快速见效、增产防病的优点，值得推广。它的优劣主要看植入的有益微生物种类和数量。在这里也提醒大家注意，生物菌肥和多效有机肥不宜长时间存放，要避免高温，一般也不能和杀菌剂混用“这是俺自制的生物菌肥,用了它之后。我们致力于为广大农业生产者提供高质量的产品和服务，共同推动农业可持续发展。天津生物菌肥技术指导
根际环境保护屏障：菌群中的地衣芽孢杆菌等有益微生物施入土壤后，迅速繁殖成为优势菌群，控制根际营养和资源，使重茬、根腐、立枯、流胶、灰霉等病原菌丧失生存空间和条件。使植物根系细胞的细胞壁增厚，纤维化、木质化，并生成角质双硅层，形成阻止病原菌侵袭的坚固屏障。增强抗逆性：菌肥中的微生物在植物根部大量生长、繁殖，从而形成优势菌群，优势菌群形成局部优势，这样就能***和减少病原菌的入侵和繁殖机会，起到了减轻作物病害的功效。菌群中的地衣芽孢杆菌、巨大芽孢杆菌、侧孢芽孢杆菌等有益微生物可增强土壤缓冲能力，保水保湿，增强作物抗旱、抗寒、抗涝能力；同时侧孢芽孢杆菌还可强化叶片保护膜，抵抗病原菌侵染，抗病，抗虫。云南口碑好生物菌肥品质保障土壤板结、酸化、次生盐渍化、以重金属含量超标为**的土壤污染严重、作物重茬死苗烂根严重等现象。
留心观察的果农朋友会发现在生物菌肥或者生物菌剂的外包装袋上，都有标有“XX亿活菌”或者“XX亿孢子”的字样。虽然说活菌跟孢子都是活的，但是这里面大有文章！首先，与真正意义上的活菌不同，孢子其实只是菌类的“种子”。它在干燥的包装袋里时，是处于休眠状态的。如果我们把它倒出来以后随便往田里一撒，那么它是***发挥不了作用的，这跟浪费钱没什么区别。一般来说，只有吸收了足够多的水分以及处于适宜的温度环境下，孢子才能打破休眠，重新***，使菌丝萌发出来，从而发生作用。
在所有生物菌中，除了用于“以菌治菌”的那些处于掠夺者地位的菌类，其余菌类都是以各种有机质为生的。它们既不掠食其他菌类以补充养分，也不通过寄生来获取能量。分解土壤中的腐殖质、秸秆、落叶等有机质是它们获取能量的***途径。所以说，并不是所有的土壤中都适合施用生物菌。如果是沙地或者有机质含量较低的土壤，就无法为生物菌提供适宜的生存环境，因此不建议大家使用。总的来说，生物菌就是一种菌类，无论是生物菌肥还是生物菌剂，其实都是利用各种微生物活菌在自然环境下的新陈代谢作用而发挥功能的农业产品。据国家前环保部部长陈吉宁介绍，据保守估计，目前我国大约有1/5的农地被污染。
目前，菌肥中所用的菌种一般属于中温性微生物，土壤温度在25-37℃时，**利于菌的生长和繁殖，一旦土壤温度超过37℃，菌的生长会明显变缓甚至停滞，菌肥效果也将受到影响。但生长停滞不**菌的死亡，当温度正常恢复且土壤湿度在50%左右时，菌将恢复生长及繁殖功能。如果在高温地区施用菌肥，建议企业通过分离筛选出更耐高温的菌种，添加到菌肥中确保菌肥效果。此外，强降雨也会让菌肥效果降低。大多数微生物菌肥中的菌都是有氧细菌，需要有氧呼吸。如果土壤积水时间过长，会影响菌肥效果，必须及时排干积水。此外，过多的积水会让菌悬浮到水中一部分，被冲掉，从而影响菌肥效果。微生物在土壤中物质和能量的输入输出中扮演着非常重要的角色。河南生物菌肥排名靠前
因此，微生物菌剂与有机肥搭配施用，可将肥效达到1+1＞2的效果。天津生物菌肥技术指导
生物菌肥根据其作用不同，又可分为5类：有固氮作用的菌肥：包括根瘤菌、固氮菌、固氮蓝藻等；分解土壤有机物的菌肥：包括有机磷细菌和复合细菌等；分解土壤中难溶性矿物的菌肥：包括硅酸盐细菌、无机磷细菌等；促进作物对土壤养分利用的菌肥：包括菌根菌等；抗病及刺激作物生长的菌肥：包括抗生菌、增产菌等。丰富的有机质还可以改良土壤物理性状，改善土壤团粒结构，从而使土壤疏松，减少土壤板结，有利于保水、保肥、通气和促进根系发育，为农作物提供适合的微生态生长环境。天津生物菌肥技术指导