2015年，江苏省在全国率先将菌群移植（FMT）纳入医疗服务收费项目。随后，通过本项目团队的努力，山东、河北、云南、广东等省份也将FMT纳入临床收费项目，推动了FMT在国内的发展。2020年8月20日，上海市将粪菌移植纳入医疗新技术目录，是我国早期个将FMT正式纳入临床医疗服务的直辖市。菌群移植的临床试验结果显示，对于部分可不住院的患者可以通过提供肠道菌群胶囊方式为患者进行菌群移植服务，根据中华胃肠外科杂志刊登的共识提示对于部分疾病使用菌群胶囊效果与住院诊疗无统计学差异。菌群移植通过提取健康人肠道菌群制成制剂，经内镜或胶囊送入患者肠道，重建其微生态平衡以改善病症。河北自体菌群移植临床应用
2型糖尿病肥胖受试者菌群移植后的菌群定植：一项24周的双盲随机对照试验2021该研究发表在《Gut》杂志上。该研究双盲、随机、安慰剂对照试验中，61名患有T2DM的肥胖受试者被随机分为三个平行组：FMT加生活方式干预组（LSI）、FMT单独组或LSI单独组，每4周一次，持续12周。FMT菌液是由6名健康的瘦供体捐赠者配制的。在基线检查时，第4周、第16周和第24周进行粪便宏基因组测序。主要结果是受试者在第24周获得≥20%的微生物群来自瘦供体。总结语：重复FMT可提高T2DM肥胖患者的菌群定植水平和持续时间。将生活方式干预与FMT相结合，可使患者的微生物群发生更有利的变化，并改善血脂水平和肝硬度。贵州菌群移植自闭症菌群移植恢复肠道次级胆汁酸合成，可改善1型糖尿病。
2012年，报道的关于菌群移植（FMT）改善人代谢综合征的研究是由Vrieze等进行的，相关结果发表在《Gastroenterology》杂志上。该研究采用双盲随机对照试验的方式研究FMT对患有代谢综合征的男性的血糖和脂质代谢的作用，9例患者接受来自瘦健康供体的的粪菌移植(同种异体移植组),另外9例患者则接受自己的粪菌作为对照(自体移植组)。结果表明FMT进行到第6周时，同种异体移植组患者其胰岛素敏感性明显提高、粪便微生物多样性明显增加，而自体移植组无明显变化。
AD是一种灾难性的神经系统疾病，截至2020年，它影响了580万65岁及以上的美国人。预计到2060年，这一数字将增加到1400万。随着AD患病率的增加，全球痴呆症的总成本预计将在2030年增加到2.0万亿美元。2017年，AD是第6大**常见死因，在美国造成121,404人死亡，在美国老年人（65岁以上）中更是排名第5位的**常见死因。AD造成的巨大经济负担及其日益流行，促使研究人员寻找预防或改善疾病的治疗方法。目前有各种肠道菌群调节干预措施，例如调整饮食、益生元、益生菌、合生制剂或肠道菌群移植（FMT）。菌群移植通过将健康人肠道菌群制备成混悬液，经肠镜或胶囊等方式植入患者肠道，重建其微生态平衡。
菌群移植下消化道途径的选择：1.推荐在条件允许的情况下优先使用结肠镜输注菌液（1A）已有大量文献证实，经过结肠镜输注菌液，对CDI有明显的疗效、且改善率比较高。相比于其他下消化道途径来讲，结肠镜输注，理论上可使菌液与整个结肠接触面积达到比较大。2.如患者不适宜通过结肠镜输注菌液，推荐使用乙状结肠镜法、灌肠法、结肠置管法行FMT（2B）以上方法在CDI或溃疡性结肠炎（ulcerativecolitis，UC）的诊疗中，均有文献报道其效果明显。但乙状结肠镜法和灌肠法很难将菌液输送到回盲部，因此，菌液与结肠黏膜接触面较小；结肠置管法便于反复输注菌液，但会增加患者腹部与肛门的不适感。菌群移植不*能改善肠道症状，对孤独症、代谢综合征等肠道外疾病，也因调节肠道菌群发挥积极作用。江西小肠菌群移植适用人群
移植疗效与菌群在受体肠道的定植能力密切相关，如何维持菌群长期稳定是当前研究的关键方向。河北自体菌群移植临床应用
近年来，随着人口老龄化进程不断加快，人民慢性病疾病负担日益沉重，成为影响国家经济社会发展的重大公共卫生问题。例如，我国的constipation患者超过2亿；我国IBD患者近十年的发病人数达到前面十年的2.5倍，目前预计约有150万患者；我国消化道疾病特别是Colorectalcancer呈现快速增加的趋势，每年Colorectalcancer的发病人数达到37.6万人，且仍在以4.2%的速度快速增长；我国自闭症现存人群约有1000万；我国抑郁症人群近6000万；我国超重和肥胖患者达到3亿人，其中肥胖患者超过9000万。目前的研究发现肠道菌群与慢性疾病之间存在紧密联系，菌群移植可以通过人为调节人体肠道微生物达到缓解疾病的目的，极具临床应用前景！河北自体菌群移植临床应用