肠道外疾病患者菌群移植宜采用鼻饲管、口服胶囊或灌肠方法行FMT（2C）一项关于肥胖和代谢综合征的Meta分析显示，FMT对肥胖和代谢综合征的部分指标有改善作用。其中3项RCT研究均采用鼻十二指肠管途径输注菌液。在一项肝性脑病的RCT研究中，保留灌肠法一次性输注粪菌液可有效缓解肝性脑病的相关症状。有关肠道外疾病FMT诊疗缺乏高质量的RCT研究，也未有文献比较不同移植途径之间疗效的区别。考虑到患者行内镜的需求较肠道疾病患者低，且内镜操作风险更高，故宜采用相对便捷的鼻饲管、口服胶囊或灌肠方法行FMT。儿童患者可通过调整剂量进行菌群移植，对肠炎、自闭症等疾病有一定干预效果。陕西自体菌群移植安全性
菌群移植临床改善或缓解标准：5.肠易激综合征（IBS）：连续3个月未出现与排粪频率、排粪形式相关的肚子痛或不适症状，且菌群多样性恢复至供体菌群多样性50%以上为改善。满足下列任1条即为显效：（1）诊疗开始后连续1周未出现肚子痛或不适；（2）IBS⁃C患者排硬或块状粪便＜25%、同时稀或水样粪便＜25%，IBS⁃D患者排稀或水样粪便＜25%、同时硬或块状粪便＜25%，IBS⁃M患者排硬或块状粪便＜25%、同时稀或水样粪便＜25%（1C）6.自闭症：诊疗第12周，自闭症ABC量表评分<31分、且CGI⁃I评分1分，菌群多样性恢复至供体菌群多样性50%以上为诊疗显效。诊疗第12周自闭症ABC量表评分<67分、且CGI⁃I评分1~2分或5个ABC子量表中至少2个较基线有50%或更大的下降，而其他子量表均未出现10%或更大的上升为诊疗有效（2C）广东肠道菌群移植临床应用菌群移植恢复肠道次级胆汁酸合成，可改善1型糖尿病。
近年来，随着人口老龄化进程不断加快，人民慢性病疾病负担日益沉重，成为影响国家经济社会发展的重大公共卫生问题。例如，我国的constipation患者超过2亿；我国IBD患者近十年的发病人数达到前面十年的2.5倍，目前预计约有150万患者；我国消化道疾病特别是Colorectalcancer呈现快速增加的趋势，每年Colorectalcancer的发病人数达到37.6万人，且仍在以4.2%的速度快速增长；我国自闭症现存人群约有1000万；近年来，随着人口老龄化进程不断加快，人民慢性病疾病负担日益沉重，成为影响国家经济社会发展的重大公共卫生问题。例如，我国的constipation患者超过2亿；我国IBD患者近十年的发病人数达到前面十年的2.5倍，目前预计约有150万患者；我国消化道疾病特别是Colorectalcancer呈现快速增加的趋势，每年Colorectalcancer的发病人数达到37.6万人，且仍在以4.2%的速度快速增长；我国自闭症现存人群约有1000万；我国抑郁症人群近6000万；我国超重和肥胖患者达到3亿人，其中肥胖患者超过9000万。目前的研究发现肠道菌群与慢性疾病之间存在紧密联系，菌群移植可以通过人为调节人体肠道微生物达到缓解疾病的目的，极具临床应用前景。
尽管FMT的临床疗效突出，但在2013年之前一直被认为是“民间偏方”。直到2013年初，华盛顿大学Surawicz教授领衔的合作组将FMT写入rCDI诊疗的临床指南，这在FMT医学史上具有里程碑性的意义。同年，《时代》杂志将其评为2013年生物医学的重大突破之一，《科学》同样将其评为生物医学的重大突破之一；2017年菌群移植被美国克利夫兰医学中心评为“年度重大医学创新”。2018年，菌群移植写入由中华医学会消化病学分会炎症性肠病学组撰写的《炎症性肠病诊断与诊疗的共识意见》，提示菌群移植技术在IBD诊疗中具有较好的效果，得到了国内医生的肯定；2019年3月份发布的管理条例中认为菌群移植是低风险的一个医疗新技术。肠道菌群如微观花园，菌群移植像 “园丁”，当生态失衡，它引入健康菌群，帮助修复，让肠道重归有序。
患者张先生，59岁。胃肠道手术后，先后出现消化道出血、急性肾功能衰竭、MDRO和重度营养不良，体重下降达10Kg，病程长达5个月，曾就诊于国内多家三甲医院，病情无明显改善。转入某院普通外科后，给予科学的营养支持诊疗，病情达到有效控制，但反复出现贫血和低蛋白血症。检测肠道菌群，发现患者肠道存在难辨梭状芽孢杆菌，随后主任医生提出调整诊疗策略，参考2020年7月份发表的指南共识给予菌群移植诊疗，重建肠道微生态。经过一个疗程的诊疗后，效果明显，且咳嗽咳痰症状明显好转，现已康复出院。菌群移植可改善帕金森病。四川自体菌群移植仪器
沃本菌群移植操作规范，收集的粪便迅速冷却处理，菌液制备后低温保存，保证菌群活性。陕西自体菌群移植安全性
菌群移植临床改善或缓解标准：5.肠易激综合征（IBS）：连续3个月未出现与排粪频率、排粪形式相关的肚子痛或不适症状，且菌群多样性恢复至供体菌群多样性50%以上为改善。满足下列任1条即为显效：（1）诊疗开始后连续1周未出现肚子痛或不适；（2）IBS⁃C患者排硬或块状粪便＜25%、同时稀或水样粪便＜25%，IBS⁃D患者排稀或水样粪便＜25%、同时硬或块状粪便＜25%，IBS⁃M患者排硬或块状粪便＜25%、同时稀或水样粪便＜25%（1C）6.自闭症：诊疗第12周，自闭症ABC量表评分<31分、且CGI⁃I评分1分，菌群多样性恢复至供体菌群多样性50%以上为诊疗显效。诊疗第12周自闭症ABC量表评分<67分、且CGI⁃I评分1~2分或5个ABC子量表中至少2个较基线有50%或更大的下降，而其他子量表均未出现10%或更大的上升为诊疗有效（2C）.陕西自体菌群移植安全性