细胞培养后，需要对其生长情况、形态甚至生物学性状进行观察。由于细胞小而复杂，若不借助适当的手段，难以观察其形态、结构，更难发现细胞内各种组分的分子组成及功能。目前，已有多种研究细胞的技术，从光学显微镜到电子显微镜，从一般细胞化学法到免疫化学法。细胞染色是研究细胞生物学特征的一种常用手段，然而，对于细胞实验新手来说，想要获得一张漂亮的细胞染色图并不容易。染色试剂不会选、细胞染色不均匀、染色时切片脱落等都是很常见的问题。
细胞膜常用染料DiD、DiR、DiO和DiI染料是最常见的细胞膜染料（见表2），它们是一族亲脂性的荧光染料，用于细胞的形态学和结构研究。该系列染料进入细胞膜后，会在整个细胞膜上侧向扩散，在比较好浓度时可以使整个细胞膜染色。其中DiD染料的染色效率高，染色均一，荧光不易猝灭，无明显细胞毒性，且受自身荧光背景干扰小。目前DiD已成功应用于多种细胞的体内示踪研究，如Treg细胞、间充质干细胞、肿瘤细胞、造血干祖细胞等。 荧光染料可以单独使用，也可以组合成复合荧光染料使用。中国澳门多肽荧光染料
所需的CY3-NHS酯的量取决于待标记蛋白的量，以及CY3-NHS的比较好摩尔比为10。示例：假设所需的标记蛋白为500μL2mg/mLIgG(MW=150,000)，用100μLDMSO溶解1mgCY3-NHS酯，得到所需的CY3-NHS酯体积为5.05μL，详细计算过程如下：1)mmol(IgG)=mg/mL(IgG)×mL(IgG)/MW(IgG)=2mg/mL×0.5mL/150，000mg/mmol=6.7×10-6mmol2)mmol(CY3-NHS酯)=mmol(IgG)×10=6.7×10-6mmol×10=6.7×10-5mmol3)uL(CY3-NHS酯)=mmol(CY3-NHS酯)×MW(CY3-NHS酯)/mg/μL(CY3-NHS酯)=6.7×10-5mmol×753.88mg/mmol/0.01mg/μL=5.05μL(CY3-NHS酯)4.运行偶联反应1)将室温新鲜制备的10mg/mLCY3-NHS酯缓慢加入到0.5mL蛋白质样品中于溶液中，轻轻摇动混匀，然后短暂离心，将样品收集于反应管底部。请勿混匀，否则2)将反应管安置避光处，在接下来的间隔轻轻蛋白水解60分钟。10-15分钟，轻轻翻转几次以充分混合5.偶联偶联物以下方案是使用SepHadexG-25柱封闭染料-偶联偶联物的范例。1)根据制造说明准备SepHadexG-25柱。2)将反应混合物(来自“Runconjugationreaction”)加载到SepHadexG-25柱的顶部。3)一旦样品在顶部树脂表面下方运行，立即添加PBS(pH7.2-7.4)。4)向所需样品添加更多PBS(pH7.2-7.4)即可完成柱密封。微泡荧光染料Cy5.5D-荧光素钾盐小动物成像。
花青类荧光染料属于共振染料，其特征在于具有离域电荷的氮原子（两个氮原子）之间的聚甲炔染料。由于与生物分子的低非特异性结合以及明亮的荧光，花青类荧光染料已成为一些当下流行的用于标记核酸的荧光染料。花青类染料分为两大类：非磺化花青类染料-该组中的一些染料包括cy3、cy3.3、cy5、cy5.5、cy7和cy7.5。在大多数情况下，这些染料的特点是水溶性低，但胺的盐酸盐和酰肼除外。它们首先溶解在有机溶剂（共溶剂）中，然后在生物分子标记期间添加到含有生物分子的溶液中。而“Cy”**花青，***个数字**存在于亚油啉基团之间的碳原子数。另一方面，添加0.5后缀以表示苯并稠合花青。这些荧光染料通常用于有机介质。磺化类花青染料-该组由磺基-Cy3、磺基-Cy5和磺基-Cy7组成。顾名思义，这些花青的特征是一个磺基，它有助于染料分子在水相中的溶解。与非磺化花青相比，这些花青更易溶于水，因此不需要溶解在有机溶剂中进行标记。磺化花青通常用于标记疏水性蛋白质、水溶液中的纳米颗粒以及可能被DMSO或DMF变性的敏感蛋白质。两组染料均可用于标记以下生物分子：肽、寡核苷酸和DNA、抗体、可溶性蛋白质。
CY5.5-NHS荧光染料是一种广泛应用于生物标记和成像的荧光染料，CY5.5-NHS荧光染料具有优异的荧光性能。其激发波长约为675nm，发射波长约为695nm，位于红色光谱区域，这使得它在生物样本中具有较强的穿透力，能够深入组织内部进行标记和成像。此外，CY5.5-NHS荧光染料具有较高的荧光量子产率和光稳定性，可以在较长时间的激发下保持稳定的荧光信号，从而确保实验结果的准确性和可靠性。CY5.5-NHS荧光染料作为一种***的荧光染料，在生物科学研究领域具有广泛的应用前景。其优异的荧光性能、良好的生物相容性、***的适用范围以及易于合成和修饰的优点，使得它成为生物医学研究中不可或缺的重要工具。染料DiI, DiO, DiD 和 DiR是一类亲脂性荧光染料家族，用于标记细胞膜和疏水性组织。
在荧光显微术中，不仅蛋白质结构感兴趣，而且对核酸也感兴趣。有时有必要通过检测细胞核来确定细胞的确切位置或数量。最常见的DNA染色剂之一是DAPI（4',6-二氨基-2-苯基吲哚），主要与DNA双螺旋富含A-T的区域结合。与未结合态相比，DAPI在DNA上的荧光强度增加。染料被UV（紫外线）光激发，比较大激发波长为358nm。发射光谱较宽，峰值在461nm。弱荧光也可以检测到RNA结合。在这种情况下，发射转移到500nm。有趣的是，DAPI能够渗透完整的细胞膜。因此，该染料既可用于固定细胞也可用于活细胞。罗丹明123一种可对活细胞线粒体染色的细胞染色试剂。江西ivis荧光染料
CY7.5荧光染料是一种被广泛应用于生物分子检测和荧光成像等领域的高效、稳定的荧光标记试剂。中国澳门多肽荧光染料
过标记——计算结果显示每摩尔145,000MW的蛋白标记的荧光团大于10mol。虽然过标记的蛋白也可以使用，但可能会引起蛋白的聚集、降低抗体结合抗原的特异性，这些都会造成非特异性结合。过标记还会引起荧光淬灭。可以增加蛋白或减少反应时间。3．未结合染料难以去除——尽管大部分时候用分离柱可以较好的纯化蛋白偶联物，但仍可能会有痕量的游离染料留在偶联物溶液中，会使标记计算的值偏高。可用分离柱再次分离或透析去除。4．蛋白或蛋白偶联物无法洗脱——不要再加缓冲液，只需再次离心一次或几次。中国澳门多肽荧光染料