5'-3'外切核酸酶活性是指DNA聚合酶能够从DNA链的5'端向3'端切除核苷酸的能力。这种活性通常用于修复受损的DNA或去除错误配对的核苷酸。具体来说,5'-3'外切核酸酶活性可以在DNA合成过程中切除前方的核苷酸,帮助错误或不需要的序列,从而确保DNA的正确复制和修复。在DNA聚合酶中,5'-3'外切核酸酶活性与聚合酶活性相辅相成。聚合酶在合成新链时,5'-3'外切酶活性可以在发现错误时进行修正,确保合成的DNA链的准确性。例如,E.coliDNA聚合酶I具有这种外切酶活性,可以在合成过程中去除错误的核苷酸,从而提高DNA的保真度。需要注意的是,BstDNAPolymerase,LargeFragment不具有5'-3'外切核酸酶活性,这使得它在某些应用中更为稳定,特别是在等温扩增反应中,如LAMP(环介导等温扩增)和RCA(滚环扩增)等。通过工程化改造,如将FnCas12a与单链DNA外切酶融合,可以提高基因编辑效率,扩大FnCas12a可以靶向的范围 。Recombinant Human CD58 Protein,hFc Tag
核酸内切酶VIII(EndonucleaseVIII)和核酸内切酶III(EndonucleaseIII)都是DNA修复酶,但它们之间存在一些关键的区别:1.**活性类型**:-**核酸内切酶VIII**:具有N-糖基化酶(N-glycosylase)活性和AP裂解酶(AP-lyase)活性。N-糖基化酶活性可以释放受损的嘧啶碱基,如胸腺嘧啶乙二醇和尿嘧啶乙二醇,产生一个脱嘌呤(Apurinic,AP)位点;AP裂解酶活性可以切割AP位点的3'和5'端,产生一个具有3'和5'磷酸的碱基缺口(Gap)。-**核酸内切酶III**:主要具有β裂解酶(β-lyase)活性,能够切割DNA磷二酯骨架在AP位点处,但不具备δ裂解酶(δ-lyase)活性。2.**识别和切除的受损碱基**:-**核酸内切酶VIII**:可以识别并切除包括尿素、5,6-二羟基胸腺嘧啶、胸腺嘧啶乙二醇、5-羟基-5-甲内酰脲、尿嘧啶乙二醇、6-羟基-5,6-二氢胸腺嘧啶和甲基羟丙二酰脲在内的多种受损碱基。-**核酸内切酶III**:主要识别和切除氧化性损伤的嘌呤碱基,如8-氧鸟嘌呤。3.**裂解酶活性**:-**核酸内切酶VIII**:具有β和δ裂解酶活性,而**核酸内切酶III**具有β裂解酶活性。这些区别决定了它们在DNA损伤修复中的作用和应用范围。
BstDNA聚合酶对dUTP的耐受性对实验结果有以下影响:1.**防止交叉污染**:BstDNA聚合酶具有较高的dUTP耐受性,这意味着它可以在反应体系中添加dUTP/UDG酶防污染系统的情况下工作,有效防止LAMP产物的交叉污染,确保数据的准确性。2.**保持灵敏度和扩增效率**:即使在引入dUTP/UDG酶防污染系统,使用dUTP替换dTTP的情况下,BstDNA聚合酶的灵敏度及扩增效率不受影响。实验数据显示,在反应体系中添加dUTP对BstDNA聚合酶的扩增灵敏度和效率没有负面影响。3.**提高实验的可靠性**:由于BstDNA聚合酶能够在高浓度的dUTP存在下保持活性,这使得它在进行等温扩增时更加可靠,尤其是在需要防止DNA污染的实验中。4.**兼容dUTP/UDG系统**:BstDNA聚合酶对dUTP的耐受性好,高度兼容dUTP/UDG系统,这对于避免交叉污染和提高实验结果的准确性至关重要。综上所述,BstDNA聚合酶的高dUTP耐受性为等温扩增实验提供了一个重要的优势,即在保持高灵敏度和扩增效率的同时,能够有效防止交叉污染,从而提高实验结果的可靠性和准确性。
磁珠法提取的DNA通常指的是通过磁珠吸附技术从样本中纯化得到的核酸,而基因组DNA(gDNA)是指一个生物体细胞核中包含的全套遗传信息的DNA。两者的主要区别在于:1.**来源和组成**:-磁珠法提取的DNA可以是基因组DNA,也可以是质粒DNA、线粒体DNA等其他类型的DNA。它是一个广的概念,指的是通过磁珠法技术提取的任何类型的DNA。-基因组DNA特指一个生物体细胞核中的DNA,包含了所有的基因信息,以及可能的非编码区域。它通常包含了大量的碱基对,如人类基因组由大约30亿个碱基对组成。2.**纯度和应用**:-磁珠法提取的DNA的纯度和质量取决于提取过程中的裂解、吸附、洗涤和洗脱步骤,以及磁珠的质量和操作条件。高质量的磁珠法提取的DNA可以用于多种分子生物学实验,如PCR、克隆、测序等。-基因组DNA的提取通常需要考虑其完整性和纯度,以确保后续实验的准确性。基因组DNA提取的难点在于血液样本成分复杂,且白细胞体积占比低,因此提取纯化难度较高。3.**提取方法**:-磁珠法提取DNA是一种高效、快速的核酸提取技术,它利用磁珠表面修饰的特定官能团与核酸的特异性结合,通过外加磁场实现核酸与杂质的快速分离。尽管Ultra-Long Master Mix设计用于长片段扩增,但在某些情况下,可能出现非特异性扩增,需要通过优化引物。
质粒DNA提取后的储存条件对于保持其活性至关重要。以下是一些推荐的储存方法:1.**干燥保存**:质粒DNA以干粉状态保存是比较好的方法。如果总DNA以溶液形式保存,可以使用1×TE缓冲液稀释,且TE缓冲液的pH值应为8.0-8.5之间。2.**低温保存**:植物总DNA低温保存比较好在-80℃以下或液氮保存。如果没有条件,也可以在-20℃保存。总DNA应避免经常冻融,同时建议每份样品保存3-5个样本。总DNA提取后保存的时限通常较组织要长(>两年),但若长期保存,每隔两年应抽测,对不符合使用要求的DNA进行更新。3.**避免反复冻融**:反复冻融会破坏DNA的完整性和活性,因此应尽量避免。4.**使用保护剂**:化学添加剂如二甲基亚砜(DMSO)可以防止DNA单链断裂,但因其毒性和使用量的问题,并不是理想的保护剂。5.**封装技术**:通过封装技术保存DNA,可以隔绝外界水、氧气和光等可能影响DNA稳定的因素。例如,DNAshell®技术基于密封的不锈钢微型胶囊,在惰性气氛下,给予DNA干粉保护。6.**使用稳定剂**:一些天然的双糖,如海藻糖,被认为是一种多功能的保护剂,可以保护生物体免受冷冻、加热等不利条件的影响。Multiplex Probe qPCR Mix 已预混了低浓度ROX参比染料,适用于需要低浓度ROX校正的荧光定量PCR仪 。Recombinant Canine CEACAM-1/CD66a Protein,His Tag
去泛素化酶(Deubiquitinating enzymes, DUBs)可以去除泛素化蛋白上的泛素链,使泛素分子得以回收和再利用。Recombinant Human CD58 Protein,hFc Tag
T7EndonucleaseI(T7EI)在CRISPR/Cas9基因编辑中的应用主要体现在突变体检测和基因编辑效率评估上。以下是T7EI在CRISPR/Cas9中的具体应用步骤和特点:1.**基因编辑效率评估**:-T7EI用于评估CRISPR-Cas9在给定的导向RNA靶位点上对细胞群体进行基因编辑的效率。-通过PCR扩增围绕CRISPR导向RNA靶位点的基因组DNA,如果CRISPR-Cas9介导的非同源末端连接(NHEJ)修复事件引入了突变,变性和退火将形成突变型和野生型PCR扩增子的异源双链DNA。2.**突变体检测**:-如果CRISPR/Cas9编辑成功在DNA上引入突变,则可与野生型DNA片段退火产生异质双链DNA。T7EI可以识别该DNA上的不完全配对的DNA位点然后进行双链切割,通过琼脂糖凝胶电泳即可显示酶切后的条带,从而半定量判定基因编辑效果。-T7EI能识别长度大于或等于2bp的插入、缺失或突变导致的错配DNA,不能识别1bp的插入、缺失或突变。3.**实验步骤**:-收集细胞并提取基因组DNA,然后使用PCR扩增期望编辑的基因组区域。扩增子的长度建议为0.5-1kb。-对扩增的DNA进行变性和退火复性,以产生异质双链DNA。-使用T7EI酶处理退火后的DNA产物,在37℃孵育15分钟。